Vastavalt IIA siseauditi standardile 1312 „Välishindamine“ tuleb siseauditi funktsiooni sõltumatu välishindamine läbi viia vähemalt kord viie aasta jooksul. Valitsussektori organisatsioonide siseauditiüksustele on väline kvaliteedihindamine kord viie aasta jooksul kohustuslik lähtuvalt rahandusministri määrusest Siseaudiitori kutsetegevuse standardite kehtestamine.
IIA standardite kohase välise kvaliteedihindamise on läbinud järgmised siseauditiüksused:
2019
- Riigimetsa Majandamise Keskuse siseauditi üksus (RMK)
2016
- Tartu Ülikooli siseauditi büroo
- Siseministeeriumi siseauditi osakond
- Rahandusministeeriumi siseauditi osakond
- Kultuuriministeeriumi siseauditi osakond
2015
- Põllumajandusministeeriumi siseauditi osakond
- Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi siseauditi osakond
- Eesti Haigekassa siseauditi osakond
2014
- Põllumajanduse Registrite ja Informatsiooni Ameti siseauditi osakond (PRIA)
- Rahandusministeeriumi finantskontrolli osakond (auditeeriv asutus)
- Riigimetsa Majandamise Keskuse siseauditi üksus (RMK)
- Eesti Energia AS siseauditi osakond
2012
- Politsei- ja Piirivalveameti siseauditi osakond
- Kaitseväe Peastaabi siseauditi üksus
- Eesti Panga siseauditi üksus
- Ettevõtluse Arendamise Sihtasutuse siseauditi osakond
2011
- Siseministeeriumi siseauditi osakond
- Justiitsministeeriumi siseauditi osakond
- Põllumajandusministeeriumi siseauditi osakond
- Rahandusministeeriumi siseauditi osakond
- Maksu- ja Tolliameti siseauditi osakond
2010
- Eesti Haigekassa siseauditi osakond (esimene hindamine oli 2005)
2009
- Põllumajanduse Registrite ja Informatsiooni Ameti (PRIA) siseauditi osakond
2007
- Kaitseväe siseauditi osakond
2006
- Justiitsministeeriumi siseauditi osakond
- Rahandusministeeriumi siseauditi osakond
- Maksu- ja Tolliameti siseauditi osakond